截至2018年末，淮阴区共有医疗机构290个（包括保健所一个），其中医院4个，卫生院20个、社区卫生服务中心4个，疾病预防控制中心（防疫站）1个，卫生监督所1个。卫生技术人员4085人，其中执业医师和执业助理医师1927人，注册护士2158人。医院和卫生院床位4310张。5岁以下儿童死亡率3.56‰，婴儿死亡率2.11‰，新生儿死亡率0.92‰，产妇住院分娩比例100%。